Рассмотрены процессы формирования и развития инновационной экономики в России и Республике Карелия. Предложены теоретические обоснования для реформирования основных общественно-экономических институтов с целью активизации инновационной деятельности. Представлены варианты дальнейшего развития экономики с учетом сложившихся внешнеэкономических условий. Показано, что взаимодействие на уровне «власть» - «наука - образование» - «производство» между органами госуправления, вузами, НИИ и организациями промышленности очень слабое, что явно недостаточно для реализации всего инновационного потенциала карельской экономики и науки. Имеющиеся государственные программы образования и повышения квалификации для руководящего звена организаций недостаточно распространены, тем более по инновационным дисциплинам. Одним из основных результатов отмечено то, что правительство является ведущим инвестором в фундаментальные научные исследования и посредством своей политики в области образования оно оказывает решающее влияние на науку и подготовку научных кадров. Показано, что развитие научного потенциала в Карелии определяется тем, что основным источником финансирования проводимых НИОКР является федеральный бюджет и слабая ориентация на нужды Республики Карелия, отсутствие спроса на инновационные проекты и, как следствие, отсутствие конкуренции как главного двигателя инновационного развития.