Важным этапом в развитии экономических исследований в Карелии явилась организация в начале 1946 года Карело-Финской научно-исследовательской базы Академии наук СССР (преобразованной затем в Филиал АН СССР), ставшей основным научным центром по изучению производительных сил республики, её истории и культуры. В этот период решались сложные задачи по восстановлению и дальнейшему развитию разрушенного войной народного хозяйства страны. Это потребовало от Карело-Финской научно-исследовательской базы АН СССР проведения таких научных исследований, которые бы в наибольшей степени отвечали запросам народного хозяйства и его основных отраслей.

Поэтому среди научных подразделений базы был создан Промышленно-экономический сектор, руководимый крупным специалистом в области физики, химии и технологии силикатов д.т.н., профессором М.А. Безбородовым (1898-1983). В этом секторе значительное внимание уделялось исследованиям разнообразных природных ресурсов Карелии и их использованию в народном хозяйстве. Этим было положено начало системным научным исследованиям в области экономической оценки природного потенциала республики и развитию производительных сил на территории.

В 1948 году Промышленно-экономический сектор был реорганизован в Сектор экономики и самостоятельную лабораторию технологии нерудного сырья. Поэтому для Института экономики Карельского научного центра РАН Михаил Алексеевич Безбородов является организатором первого научного экономического подразделения на территории республики и родоначальником системной научно-исследовательской работы в области экономики.

Специалистам вновь организованного Сектора экономики Карельского филиала АН СССР предстояло найти пути решения сложных задач по восстановлению и дальнейшему развитию разрушенного войной народного хозяйства республики. Руководителем нового Сектора экономики был назначен А.В. Иванов – высококвалифицированный экономист-плановик с большим опытом руководящей работы в местных планово-статистических и хозяйственных органах. В задачу сектора входило исследование природных ресурсов Карелии и их использование в народном хозяйстве. В 1951 г. Сектор был преобразован в Отдел экономики. В центре внимания Отдела находились вопросы, связанные с экономикой и организацией лесного хозяйства. В этом направлении плодотворно работали в начале 50-х годов научные сотрудники И.В. Первозванский, И.З. Полуйко, Н.Г. Птушко, позднее – П.А. Уханов, И.Я. Валентик, М.Д. Некрасов, З.Н. Кельсеева, В.П. Макаренко, А.Ф. Козлов, П.С. Гейзлер и др.

В 1953 году заведующим Отделом экономики назначается кандидат экономических наук Васильев П.А. Под его руководством проводятся исследования, направленные на изучение географических, экономических, социальных характеристик республики, анализируются особенности территориального размещения отраслей народного хозяйства, разрабатываются рекомендации по хозяйственному освоению западных районов Карелии. В конце 50-х гг. начинаются исследования в области экономики транспорта.

В 1958 году Отдел возглавил к.э.н. П.А. Уханов, старавшийся расширить спектр экономических исследований за счет изучения проблем рыбной (И.С. Маханьков), горнодобывающей промышленности (Е.А. Гедовиус, В.И. Чернявский), сельского хозяйства (А.П. Кольенен, А.С. Желудков, М.В. Галочкина), транспорта (П.С. Рябухин), экономической географии, статистики и демографии (А.А. Романов, П.А. Васильев, И.П. Покровская).

В начале 60-х гг. Отделом экономики совместно с научной бригадой Совета по изучению производительных сил (СОПС) выполнена большая коллективная работа «Гипотеза развития производительных сил Карельской АССР на генеральную перспективу (1960-1980гг.)». В ней впервые определены основные направления развития производительных сил Карелии на предстоящие 20 лет, разработаны перспективы развития важнейших отраслей промышленности, сельского и лесного хозяйства, транспорта и связи; составлен первый перспективный баланс трудовых ресурсов.

Научный уровень работ и масштабы исследований Отдела экономики к началу 70-х годов требовали научного обсуждения, научных дискуссий и координации. Возникла потребность в создании коллективного органа, решающего эти вопросы. В 1970 году в Отделе был создан Ученый совет.

В течение 1971-1975 годов почти все сотрудники Отдела экономики принимали участие в исследованиях по теме «Основные направления развития и размещения производительных сил Карельской АССР на период долгосрочного плана (до 1990г.)». Её научным руководителем был к.э.н. А.М. Правдин. Это исследование было положено в основу планов развития народного хозяйства республики в X-XII пятилетках.

В 1972 году А.М. Правдин возглавил Отделом экономики, став его заведующим. В это время продолжаются исследования по основным направлениям развития республики, и отдел разрабатывает «Основы и схему развития и размещения производительных сил Карельской АССР на 1976-1990 гг.».

Под руководством А.М. Правдина Отдел экономики расширил поле своих исследований и в 1973 году вышел за рамки карельской тематики. Совместно с экономическими подразделениями Кольского и Коми филиалов АН СССР (при участии других научных подразделений трёх северных филиалов) подготовлен и представлен научно-технический доклад «Проблемы повышения эффективности общественного производства и основные направления дальнейшего развития производительных сил Европейского Севера на период 1976-1990 гг.».

Во второй половине 70-х годов исследования по проблемам комплексного развития производительных сил Европейского Севера в долгосрочной перспективе были продолжены под руководством. А.С.Ревайкина. Отдел начал проводить исследования по теме «Прогноз комплексного освоения природных ресурсов и обоснование принципиальных направлений и проблем развития производительных сил отдельных районов на период 1981-1990 и 1991-2000 гг. на Европейском Севере». Эта тема выполнялась под методическим руководством КЕПСа при Президиуме АН СССР с участием экономических подразделений Карельского, Кольского и Коми филиалов АН СССР.

В результате была разработана общая концепция освоения природных ресурсов и развития производительных сил Европейского Севера СССР на период до 2000г.; и дан прогноз развитая производительных сил региона. Уровень исследований Отдела экономики возрос на столько, что исследования в области развития лесопромышленного комплекса, черной и цветной металлургии, неметалорудной промышленности проводились не только по Карелии, но и в рамках всего Северо-западного региона.

Благодаря совместным исследованиям эффективности деятельности институтов КарНЦ был накоплен определенный опыт и создан методический задел, на основе которого Отделу экономики было поручена оценка научного потенциала республик и областей Северного экономического района. Заведующий отделом д.э.н. А.С. Ревайкин направляется в Институт экономических исследований Дальневосточного отделения АН СССР (1982г.).

В 80-е годы Отдел экономики, возглавляемый в 1982 г. к.э.н. М.Д. Некрасовым, а затем с 1983 к.т.н. Ш.Ш. Байбусиновым, участвовал в выполнении ряда крупных тем: «Комплексная программа научно-технического прогресса Европейского Севера РСФСР на 1986-2005гг.», «Схема развития и размещения производительных сил Европейского Севера СССР на период до 2000г.» и др.

В 1987 году зав. Отделом избирается молодой ученый, к.э.н. С.М. Яскунов. Деятельность отдела в большей степени стала осуществляться в соответствии с Государственным планом и распоряжениями Президиума АН СССР и определялась материалами Пленумов и постановлений ЦК КПСС. В центре внимания научного коллектива находились важнейшие проблемы экономического развития республики. Была выполнена разработка системы экономического прогнозирования развития промышленности Карельской АССР, сформированы контрольные цифры прогноза развития республики (С.М. Яскунов).

Продолжались исследования по оценке состояния экономики республики, её специфики, участия в территориальном разделении труда, сложившейся системе управления. На основе этих разработок была представлена правительству «Концепция перестройки и функционирования хозяйственного механизма Республики Карелия». Она легла в основу Указа Президента РФ «Об условиях экономического эксперимента по созданию особого порядка инвестирования на территории Республики Карелия».

В 80-90-е годы в разработке народнохозяйственных проблем РК активно участвовали Ю.С. Ахметчин, Ш.Ш. Байбусинов, А.И. Баринов, Т.Л. Боцва, О.А. Готовцева, Г.П. Губанов, Н.А. Громцев, Н.Н. Денисенко, П.В. Дружинин, Т.А. Иноземцева, И.Е. Иванова, Е.А. Каненкова, Ю.Е. Капутин, Г.И. Климов, В.В. Клыкова, И.М. Ковшова, А.Ф. Козлов, А.С. Колесов, В.И. Колесова, А.В. Макарихин, Т.В. Морозова, Л.П. Негреева, Е.Г. Немкович, С.И. Нокелайнен, М.Б. Попова, В.В. Сабурова, А.М.Савин, Т.Н. Старцева, А.Н. Судаков, Н.С. Тюфякина, М.Н. Шестюк и др.

В связи с назначением С.М. Яскунова на должность заместителя Председателя Совета Министров КАССР, в 1990 году руководителем отдела назначается к.э.н. А.Ф.Козлов, а ученым секретарем отдела В.В.Клыкова. Отдел начинает исследование проблем формирования рыночной экономики в республике.

В 1992 году начались институциональные преобразования в стране и в республике. Для Отдела экономики потребовались новые подходы в организации научных исследований, во взаимоотношениях с изменяющимися и вновь создаваемыми государственными структурами. Все это потребовало в очередной раз смены руководителя Отдела. Его возглавил опытный руководитель, специалист в области машиностроения к.т.н. Е.Г. Немкович. Отдел концентрируется на разработке механизма функционирования рыночной экономики, прогнозировании социально-экономического развития республики и анализе социально-экономических процессов, выработке концепции интеграции РК в российское и международное экономическое сообщество.

Исследуются новые процессы рыночной экономики, вопросы реформирования системы управления, разграничения собственности, приватизации и развития рыночной инфраструктуры.

В 1996 году по ходатайству Президиума КарНЦ РАН, Законодательного собрания РК и Бюро отделения экономики РАН Президиум РАН своим постановлением № 128 от 02.07.96г. преобразовал Отдел экономики, существующий с 1946 года как структурное подразделение Карельского научного центра РАН, в Институт экономики КарНЦ РАН. Исполняющим обязанности директора Института был назначен д.э.н. П.Ф. Михальченко, член Президиума КарНЦ РАН и коллегии Минэкономики Карелии, член специализированных диссертационных советов при Петрозаводском госуниверситете и Институте экономических проблем Севера Кольского научного центра РАН.

В Институте выполнялись работы по разработке комплексной программы формирования рыночной экономики и механизма её функционирования. Выявлены основные тенденции влияния реформ на региональный рынок товаров и услуг, перераспределение ресурсопотоков и эффективности производства промышленных и сельскохозяйственных предприятий. Исследованы особенности развития республики как приграничного периферийного региона и определены основные направления выхода из кризисного состояния. Вышел первый сборник научных трудов Института экономики «Экономические проблемы становления рыночных отношений в РК».

Постановлением Бюро Отделения экономики РАН №18 от 18.04.1996г. Институту экономики было разрешено осуществлять подготовку научных кадров через аспирантуру по специальности 08.00.05 «Экономика и управление народным хозяйством».

Организационный этап закончился, в соответствии с требованиями действующих Уставов РАН, КарНЦ РАН и Института экономики необходимо было провести процедуру выборов и назначение директора института.

В соответствии с действовавшими положениями Отделение экономики РАН был объявлен конкурс на должность директора и 1998 году директором Института был избран д.т.н., профессор ПетрГУ Шишкин А.И.. Это ученый и организатор, имеющий большой опыт работы в научно-педагогической сфере, длительно возглавлявший строительный факультет ПетрГУ. Под его руководством молодой Институт активно включается в решение региональных проблем переходного периода. В его становлении принимает активное участие академик-секретарь Отделения общественных наук академик Д.С. Львов. Под его непосредственным руководством формировался тематический план.

В целом научно-исследовательская деятельность Института экономики КарНЦ РАН начала осуществляться в соответствии с приоритетными направлениями исследований Отделения общественных наук РАН, заданиями государственных и региональных органов власти и сосредоточена на разработке проблем формирования рыночной экономики и механизма её функционирования, прогнозирования социально- экономического развития республики и анализе социально-экономических процессов, выработке Концепции интеграции Карелии в российское и международное экономическое сообщество.

Наиболее масштабной для молодого института стала работа по разработке Концепции социально-экономического развития республики в новых экономических условиях, в условиях ломки государственной машины, в кризисных условиях экономического обвала и частичной потери управляемости территорией. Предстояло выработать предложения для принятия управляющих решений вновь формирующимися органами власти в условиях почти полной неопределенности. Руководство разработкой Концепции социально-экономического развития осуществлял член-корреспондент РАН, Председатель Президиума КарНЦ РАН, член-корреспондент РАН А.Ф. Титов.

Для разработки Концепции социально-экономического развития республики на 1999-2010 годы «Возрождение Карелии» на базе Института распоряжением Главы Республики Карелия был создан временный творческий коллектив (ВТК), который возглавил директор Института экономики профессор А.И.Шишкин.

Работа над концепцией положила начало работе республиканского научно-методического семинара по вопросам стратегического планирования и управления в республике, цель которого - обмен мнениями и результатами исследовательской работы научной общественности, повышение квалификации сотрудников, обучение аспирантов по вопросам методологии, планирования и управления.

В 2003 г. в соответствии с постановлением Президиума РАН Отделением общественных наук была проведена комплексная проверка деятельности Института экономики (председатель комиссии член-корреспондент РАН А.В. Дмитриев). Комиссия констатировала, что Институт экономики КарНЦ РАН, имеет высококвалифицированные кадры и является авторитетной научной организацией в регионе, наращивает исследовательский потенциал и успешно решает важнейшие научные проблемы совершенствования методологии и методики прогнозирования социально-экономических процессов региона, реформирования экономики и её отдельных отраслей с учётом рыночных преобразований, трансформации социально-экономических процессов, трансграничного сотрудничества. Это был первый серьезный экзамен для коллектива молодого института. Положительная оценка деятельности обновленного коллектива подтвердила, что институт на правильном пути.

Это результат слаженной работы всего коллектива института и оценка деятельности первого директора института д.э.н., профессора А.И.Шишкина, вложившего всю свою энергию в процесс развития, заместителя директора по научной работе к.т.н., доцента Е.Г Немковича, имеющего большой опыт общественной, производственной и научно-организационной деятельности, учёного секретаря к.э.н., с.н.с. А.Ф. Козлова, работающего в Отделе (Институте) экономики с 1964 года и имеющего большой опыт научно-организационной деятельности.

В 2003 г. на конкурсной основе состоялось повторное избрание директором института д.т.н., проф. А.И.Шишкина. Была утверждена и реализована новая структура, прошел конкурс на замещение вакантных должностей заведующих отделов, утверждены заведующие отделов.

В целом коллективу института удалось вписать исследования академической науки в решение проблем народного хозяйства республики и сделать их востребованными и содействующими динамичному социально-экономическому развитию республики в рамках общих задач Российской Федерации.

Сегодня Институт экономики выступает как центр исследований экономических и социальных процессов на Северо-Западе России и в Республики Карелия. В Институте осуществляется аналитическая и методологическая работа по изучению экономических и социальных процессов в приграничном ресурсно-ориентированном регионе и ведётся подготовка научных кадров высшей квалификации в области экономики и управления.

Институт экономики активно сотрудничает с другими научными организациями, образовательными учреждениями, подписаны соглашения о международном сотрудничестве с зарубежными партнерами.

Одним из направлений работы Института сегодня является интеграция с высшими учебными заведениями и вовлечение творческой молодежи в научную деятельность. На базе Институте создано три филиала кафедр, на постоянной основе работает две школы молодого ученого.

Наибольшая значимость и ценность научной деятельности коллектива института последних лет заключается в выработке теоретических основ стратегического территориального планирования развития республики и их практическая реализация.

Последним достижением института является принятая министерством регионального развития РФ Стратегия социально-экономического развития республики до 2020 года. Над стратегией Республики Карелия работал творческий коллектив института экономики в темном контакте с представителями органов исполнительной власти республики. Основная цель этого документа - повышение качества жизни населения республики на основе развития экономики, формирования потенциала и активного участия Карелии в системе международных и межрегиональных обменов.

В 2007 г. на основании Распоряжения Президиума РАН от 6 июля 2007 г. (№ 14000-462) и в соответствии с планом-графиком проведения комплексных проверок научных организаций РАН на 2007 г. проведена комплексная проверка деятельности Института экономики Карельского научного центра (9-14 сентября 2007 г.). Комиссией было отмечено, что научно-исследовательские работы бюджетной тематики Институт ведет в соответствии с Основными заданиями, органично сочетает фундаментальные исследования с решением конкретных практических социально-экономических задач.